進口方面 　由代理報關單位到鐵路領取運單及有關單據(jù)并合同先到檢驗檢疫局報驗，報驗完畢后到海關報關，海關根據(jù)報關單工具稅單，將票據(jù)返還代理報關單位，報關單位將票據(jù)再返還給鐵路，鐵路安排車輛換裝貨物，海關、檢驗檢疫局在換裝現(xiàn)場開展查驗、監(jiān)管、抽樣工作。換裝完畢后，票據(jù)返還代理報關單位，代理報關單位再到檢驗檢疫局開具通關單到海關憑具報關單、稅款單給予放行。

　鐵路收到已通關放行的票據(jù)后，根據(jù)要求貨物發(fā)往目的地，編制計劃、發(fā)運。大致程序如下：經營單位和代理報關單位簽署協(xié)議—提供有關單據(jù)貨物到：代理報關人—鐵路領取運單—檢驗檢疫局報驗—海關報關—鐵路換裝—代理人到檢驗檢疫局領取通關單—海關放行—鐵路編制計劃—發(fā)運。

　出口方面

　經營單位將出口貨物的有關單據(jù)提供給代理報關單位，貨物到口岸后，代理報關單位到鐵路領取運單后，到檢驗檢疫局報驗、查驗、抽樣，憑檢驗檢疫開具的通關到海關報關，海關查驗、征稅后放行，鐵路編制計劃發(fā)運。大致順序如下：代理人領取運單—報驗—報關—放行—鐵路發(fā)運。