便捷通關企業(yè)可應用中國電子口岸平臺自理報關，在企業(yè)辦公地點直接向進出口地或主管地海關自行辦理正式報關手續(xù)，企業(yè)一次輸入所有通關數(shù)據(jù)，各進出境管理部門之間數(shù)據(jù)聯(lián)網(wǎng)傳輸，海關審核報關單電子數(shù)據(jù)后發(fā)送電子回執(zhí)，由企業(yè)自行派人或委托代理人在貨物通關現(xiàn)場向海關辦理交單審核及貨物驗放手續(xù)。有條件的海關還可實行與指定銀行聯(lián)網(wǎng)電子劃款交納稅費，海關向企業(yè)發(fā)出電子繳款通知后，驗憑銀行轉賬電子回執(zhí)驗放貨物。
在預錄入及聯(lián)網(wǎng)申報環(huán)節(jié)，海關通關系統(tǒng)不再對報關單進行艙單強制檢查和退單，即對于有艙單號但海關無艙單電子數(shù)據(jù)的報關單，允許繼續(xù)完成預錄入并向海關正常申報，允許其進口貨物報關單填報時“運輸工具名稱”及“提運單號”兩欄目為空，事后補辦艙單核銷手續(xù)。
在審單環(huán)節(jié)，若企業(yè)申報的艙單在海關的艙單庫中無記錄，則先不進行核注。