俄聯(lián)邦海關署成立于2004年3月，直屬于俄聯(lián)邦政府領導。署長和副署長由俄聯(lián)邦政府直接任免，各地區(qū)海關局局長、直屬海關關長及其他海關官員的任免按聯(lián)邦海關署署長確定程序辦理。

俄羅斯海關實行垂直管理體制，統(tǒng)一管理全國海關，在組織機構上可分為四個層次：海關署、直屬地區(qū)海關局（直屬海關）、隸屬海關、海關監(jiān)管點。署機關內設21個局（即組織監(jiān)督總局、信息技術總局、海關監(jiān)管總局、反走私總局、商品目錄和貿易管制總局、后勤保障總局、聯(lián)邦海關收入局、財經總局、監(jiān)督審計局、外匯監(jiān)管局、條法局、行政事務局、干部局、社會聯(lián)系局、海關安全局、稽查局、海關合作局、海關統(tǒng)計分析局、調查局、強力保障局、法制局）；7個直屬地區(qū)海關局（分設在俄聯(lián)邦七大行政區(qū)中，即中央海關局、西北海關局、遠東海關局、南方海關局、西伯利亞海關局、烏拉爾海關局、伏爾加河沿岸海關局），直屬海關5個（弗努科沃機場海關、達瑪捷多瓦機場海關、謝列梅捷沃機場海關、中央消費稅海關、中央能源海關），直屬專業(yè)化地區(qū)海關局4個；隸屬海關127個；海關監(jiān)管點709個、監(jiān)管口岸446個。此外，俄海關共有8個駐外代表處（駐白俄羅斯、烏克蘭、哈薩克、吉爾吉斯、芬蘭、德國、比利時和中國），海關學院1個、分院3個（擬增至6個）。世界海關組織歐亞經濟共同體成員國教育培訓中心設在俄海關學院，獨聯(lián)體地區(qū)信息情報聯(lián)絡中心設在莫斯科。

俄羅斯海關現(xiàn)有關員64000余人。其中，署機關人員為1882人，1/3關員帶有關銜，2/3關員不帶關銜，按國家公務員管理。俄羅斯聯(lián)邦海關署現(xiàn)有署長1人、副署長5人（6位副署長的編制）?，F(xiàn)任署長為別利亞尼諾夫。

俄羅斯海關的基本職能是：監(jiān)管、征稅、絹私、統(tǒng)計和其它海關業(yè)務。

每年10月25日是俄羅斯海關日。